在頂空進樣氣相色譜儀分析實際應用中，有一些消除或減少基質效應的方法：
(1)利用鹽析作用即在水溶液中加入無機鹽(如硫酸鈉)來改變揮發性組分的分配系數。實驗證明，鹽濃度小于5%時幾乎沒有作用，故常用高濃度的鹽，甚至用飽和濃度。需要指出的是，鹽析作用對極性組分的影響遠大于對非極性組分的影響。此外，在水溶液中加入鹽之后，溶液體積會變化，定量線性范圍可能變窄，這些都是在定量分析中應該考慮的。
(2)在有機溶液中加入水當然，水要與所用有機溶劑相溶。這可以減小有機物在有機溶劑中的溶解度，增大其在頂空氣體中的含量。比如，測定聚合物中的2-乙基己基丙烯酸酯殘留量時，樣品溶于二甲基乙酰胺中，然后加入水，分析靈敏度可提高數百倍。
(3)調節溶液的pH 對于堿和酸，通過控制pH可使其解離度改變，或使其中待測物的揮發性變得更大，從而有利于分析。
(4)固體樣品的粉碎物質在固體中的擴散系數要比在液體中小1到2個數量級，固體樣品中揮發物的擴散速度很慢，往往需要很長時間才能達到平衡。盡量采樣小顆粒的固體樣品有利于縮短平衡時間。但是要注意，一般的粉碎方法會造成樣品損失。比如研磨發熱，揮發性組分就會丟失。故頂空GC中多用冷凍粉碎技術來制備固體樣品。同時，用水或有機溶劑浸潤樣品(三相體系)，也可以減小固體表面對待測物的吸附作用。 此外，稀釋樣品也是減小基質效應的常用方法，但其代價是減低了靈敏度。其他消除基質效應的技術，如全揮發技術等。 另外，樣品中的水分也是一個影響因素。雖然靜態頂空樣品中水分含量常沒有動態頂空那么大，但水溶液樣品在濃度較高時，水蒸氣會影響GC分離結果，特別是采用冷凍聚焦技術時。故應在色譜柱前連接除水裝置，如裝有氯化鈣、氯化鋰等吸附劑的短預柱。當然要保證被測組分不被吸附。
